歷史沿革
在人類基因定序計畫完成後，生命科學的發展邁入了一個新的時代。在人類染色體總長度約三十億個鹼基對、約兩萬五仟個基因中，因為人類基因定序的完成，讓科學家們可以從全基因的宏觀視野來檢視生命現象。因此後基因體時代的各種高通量分析(high-throughput screen)的生物科技蓬勃發展，包括了基因質體學 (genomics)、轉譯質體學 (transcriptomics)、蛋白質體學 (proteomics)及代謝體學 (metabolomics)等。隨著多方面”體學”規模研究世代之來臨，生命科學的發展越來越著重資訊學上的需求，用於整合大量產生的量化資料數據，以及利用數學模式來模擬系統等級的關連性與複雜性。因此整合各種”體學”大量資料，並且利用數學模式來分析探討的系統生物學，則越來越重要。
近年來，系統生物學在生物醫學及生物研究領域中受到了廣泛的注意，哈佛大學於2003年成立系統生物學研究所，而麻省理工學院也於同年開始推動計算系統生物學的研究。透過系統生物學研究的進展，不僅讓研究學者們以全面性的方式了解生物體的發展和運作機制，改變科學家們對複雜的生命現象的看法。同時也促成來自不同領域的科學家共同致力，整合不同數據資料來解決最困難的生物問題。因此，系統生物學的發展將為許多創新性的生物研究與科技研發，建立基礎。
無可否認的，系統生物學尚處於起步的階段，尤其在本土的研究方面更是如此。台灣大學「系統生物與生物資訊學研究中心」已於2006年6月成立，隨後於2006年12月與中研院合組一個跨領域、跨院校的研究團隊，執行「計算生物學先導型研究計畫」，其研究成果豐碩。除此之外，本中心也於今年與中研院以及成大合作，共同提出為期三年的「以自動知識擷取為基礎之計算功能性蛋白質體」跨領域群體計畫。中心在過去三年期間，不僅成功整合校內生物資訊與生物醫學研究領域的合作，在生物資訊學領域的研究也累積相當成果，包括成功研發多套最先進的生物資訊軟體，並在全世界都有一定的使用者在使用由中心研發的軟體。因此透過中心三年來的運作，不論在生物資訊或是整合生物醫學領域上，中心都扮演著非常重要的角色。
為了持續保持尖端研究力和全球競爭力，本中心意識到需要以更全面的方向補足傳統研究方法之迫切需要，必須充分利用系統生物學所建構的大量資料數據分析平台與生物資訊的方法，來整合台大校園中近年來已陸續完成或計畫建構中的諸多 體學”相關研究設備。因此，本中心於99年度正式更名為「系統生物學研究中心」，並同時進行重整，除了維持現有的生物資訊計算研究外，將和生命科學院合作，納入校園內相關”體學”研究設備，如基因及轉錄體學、蛋白體學、代謝體學，以及影像分析等研究核心實驗室，讓中心不僅對數據進行資訊分析，更可以和實驗室緊密合作，透過實驗來驗證模式預測的結果，而實驗室所得之實驗數據，也可以透過系統性的整合分析，得到最佳的闡述，來回答複雜的生物議題，進而推導出生物系統的模型。
中心主任
2006年6月~ 2009年7月 歐陽彥正 教授
2009年8月~ 2012年7月 羅竹芳 教授
2012年8月~ 2013年7月 羅竹芳 教授
2013年8月~ 2016年2月 郭明良 教授
2016年3月~ 2021年7月 吳益群 教授
2021年8月~ 現今 阮雪芬 教授