核心實驗室

服務簡介:

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次世代高通量定序為生命科學院科技共同空間與系統生物學中心聯合服務之核心設施 (NGS Core),藉由儀器使用上的互助互補,提供使用者更完備一體的研究支援。目前 NGS Core 主要採用 Illumina MiSeq 系統提供高通量定序服務。 MiSeq 屬於小型快速的定序機種,其定序優勢包括:能提供長片段定序 (最長可達 300 bp 雙端定序) 及單次上機輸出資料量可符合一般實驗室需求的定序量,如 1-4 個轉錄體 (Transcriptome)、 1-2 個小 RNA (Small RNA) 或是 1-2 個小型基因體 (Small Genome,genome size < 40Mb) 定序等。除此之外,其定序所需時間較其他 Illumina 中大輸出量機型,如 HiSeq 2500 及 NextSeq 500 等短 (依不同定序長度約 4-39 小時),在研究等待時間掌控上更具彈性。不同長度定序之應用領域可參考下表。目前核心實驗室提供以下定序服務:

(1) Small Genome (Virus and Bacterium)

(2) Transcriptome (mRNA, rRNA depleted total RNA and stranded mRNA)

(3) Small RNA

(4) ChIP-Seq

(5) RNA-IP Seq

(6) 16S rRNA Metagenomics

(7) Genotyping by Sequencing (MSG) library preparation and small scale sequencing (150bp 單端定序)

(8) PCR Amplicon Sequencing (Customized PCR products and Illumina panels)

 

Illumina MiSeq 高通量定序設備目前輸出表現及可應用領域

定序長度

試劑組

版本

定序時間

(小時)

資料輸出量1

(序列條數2)

應用領域

1 x  50 bp

V2

4

600-750 Mb

(12-15 M reads)

Small genome resequencing

Small RNA sequencing

2 x  25 bp

V2

6

750-850 Mb

(24-30 M reads)

Library QC

2 x 150 bp

V2

24

4.5-5.1 Gb

(24-30 M reads)

RNA-Seq (non-model)

2 x 250 bp

V2

39

7.5-8.5 Gb

(24-30 M reads)

16S Metagenomics

Small genome de novo

Amplicon sequencing

(partial ) Exome capture

2 x  75 bp

V3

24

3.3-3.8 Gb

(44-50 M reads)

RNA-Seq (model)

2 x 300 bp

V3

65

13.2-15 Gb

(44-50 M reads)

Small genome de novo

Amplicon sequencing

(partial) Exome capture

 

 

 

 

 

1 Mb=Mega base; Gb= Giga base

2 M reads= Million reads

 

 

服務流程:

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注意事項:

樣本準備品質標準

種類

總量

濃度

Buffer

A260/A2803

A260/A2803

RIN4

DNA1

> 2 ug2

> 10 ng/uL1

Nuclease free water

1.8-2.0

> 1.8

-

RNA

> 2 ug

>100 ng/uL

Nuclease free water

1.8-2.0

> 1.8

> 7

(small RNA >8)

特殊樣本如 PCR productsRIPFFPE及微量樣本QC,請洽技術員諮詢

1. DNA 樣本請附電泳膠圖,gDNA需為完整未降解之高分子量片段

2. 請依據 Qubit 所測定濃度為準 (link to Qubit page)

3. 請依據 NanoDrop 所測定為準

4. 請依據 BioAnalyzer 所測定為準,非哺乳動物 RNA 樣本QC標準請與技術員討論

 

收費標準

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聯絡資訊:

生命科學大樓三樓303室 (TechComm)

蕭君儀 小姐 02-33669680 校內分機 69680